Fernando Samalea formó parte de diversos proyectos musicales de Argentina y España, desde mediados de los años ochenta, tanto con la batería como con el bandoneón o la percusión. Entre ellos se destacan Charly García, Daniel Melingo, Illya Kuryaki & The Valderramas, Andrés Calamaro, Los Gauchos Alemanes, Joaquín Sabina, Clap, Fricción y A-Tirador Láser, entre otros).

Junto a María Gabriela Epumer le dio forma a la Montecarlo Jazz Ensamble, un ambicioso proyecto musical a beneficio de comunidades aborígenes.

Junto al bajista Fernando Nalé y al pianista Mariano Gianni formó HAL9000 en 1997, con quienes editó un disco.

Editó su primer cd-cuento solista en 1998, titulado "El jardín suspendido". El autor eligió este formato para plasmar también sus relatos y buscar una música de acompañamiento. «El ingenuo sujeto debe leer y escuchar simultáneamente el contenido del trabajo, y esta ventaja no ha estado ajena al conocimiento del realizador en el momento de la inspiración», asegura.

Su siguiente paso fue "Padre-Ritual" (1999), otro CD-cuento que presenta una historia apócrifa acerca de la lucha anarquista en Buenos Aires y un periplo imaginario por Sudamérica y las selvas del Mato Grosso, en los tiempos románticos del ácrata italiano Severino Di Giovanni y su polémico fusilamiento.

"Full femme" (2000) cierra la trilogía que completan sus dos cd-cuentos precesores. Consta de diez temas instrumentales grabados en Madrid, París, Buenos Aires y Woodstock, sones de bandoneón y glockenspiel, pianos y vientos jazzísticos, violines gitanos, voces actuadas, guitarras criollas, percusiones de Oriente y tratamientos electrónicos, y un relato fantástico que aborda, en líneas generales, el mundo del cine (como bien a remarcado un prestigioso crítico local).

En el 2001 editó otro CD-cuento, "Metejón". «Paradójicamente, es la más argentina de mis obras, por que lo hice en España, y en éste disco me he animado a incluir ritmos folclóricos». Sobre la novela que acompaña el disco, Samalea la describió como «un relato que transcurre en la década del '50 en pleno peronismo. Es una historia de chicos, con todos los sueños de la niñez que uno va reflotando desde un lejano lugar de la memoria».

Entre febrero de 2003 y marzo de 2004 grabó Fan en Madrid, Paris, Rio de Janeiro y Buenos Aires. Fue editado por Los Años Luz Discos y contó con Maria Eva Albistur (bajo, sinte), Gustavo Cerati (guitarra electrica), Richard Coleman (guitarra electrica), Fabian Von Quintiero (sinte), Fernando Kabusacki (guitarra electrica), Javier Malosetti (bajo, voz), y Charly Garcia (sinte, vocoder), entre otros.